AlphaFold3の提供開始について

「導入履歴」　

  • 2025年 7月　AlphaFold v3.0.1　

2025年7月からAlphaFold v3.0.1の実行用ジョブスクリプトの提供を開始いたしました。

AlphaFoldの実行用ジョブスクリプト（サンプル）は以下に置いてあります。

  • /home/center/local/sample/AF3/run_alphahold.sh
  • /home/center/local/sample/AF3/sample.json

ジョブスクリプトが参照するAlphaFold用ライセンスファイル（モデルパラメータ）は、 利用者本人からGoogle Formsにて申請していただく必要がございます。

ライセンスファイルの取得方法 ならびに スクリプトの実行方法については以下をご確認下さい。
ライセンス形態は、非営利目的のみです。

  • /home/center/local/sample/AF3/AlphaFold_Readme.txt

予測構造をスーパーコンピュータ「不老」で可視化する場合、TypeIIログインノード(flow-cx.cc.nagoya-u.ac.jp)へNICE DCVでアクセスしてPyMOLをご利用ください。

重大な更新がある場合を除いては各スクリプトを予告なしに継続的に更新していく予定ですので、 /center/local/app/x86/AlphaFold ディレクトリ内のサブディレクトリ構成やサンプルスクリプトを適宜ご確認ください。

予期せぬ実行時エラーが生じた場合などは共同利用担当までお問い合わせください。

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