ゲノムデータ解析ソフトウェア Clara Parabricks利用開始のお知らせ

2023年11月1日（水）より、ゲノムデータ解析ソフトウェア Clara ParabricksをTypeIIサブシステムにて利用可能となりました。

Clara Parabricks は、TypeIIサブシステムのGPUとSSDを利用することにより、処理時間を大幅に短縮できます。

Clara Parabricks利用方法

実行ジョブスクリプトの例は、以下に置いています。

/center/local/sample/parabricks/cx.sh

本ジョブスクリプトでは、HPC環境向けにコンテナプラットフォームSingularityにより、Clara ParabricksのSingularity用のイメージファイル（sifファイル）を読み込んでおります。
本ジョブスクリプトを参考に、ジョブ最長実行時間elaps time、fastaファイルや入出力ディレクトリを調整してご利用ください。

本ジョブスクリプト、入出力ファイル・ディレクトリを含めダウンロード後、実行する方法を以下に示します。

（1）ディレクトリ/center/local/sample/parabricks内のファイルを、カレントディレクトリにダウンロードする。

[USERID@flow-cx01 ~]$ sample parabrics work
[USERID@flow-cx01 ~]$ cd work
[USERID@flow-cx01 work]$ ls
cx.sh  cx.sh.1331301.out  in  out

（2）ジョブを実行する。

[USERID@flow-cx01 work]$ pjsub cx.sh

詳細についてはこちら

何かご質問などがありましたらQAシステムまでお問い合わせください。

どうぞよろしくお願いいたします。