AlphaFold更新のお知らせとcxgfs-shareリソースグループのご案内「7月5日更新」

「導入履歴」　

2021年11月　AlphaFold v2.1.1　
2022年 2月　AlphaFold v2.1.2　
2022年 3月　AlphaFold v2.2　
2023年 4月　AlphaFold v2.3.1　
2023年 7月　AlphaFold v2.3.2「7月5日更新」

このたびAlphaFoldの新バージョンv2.3.2の提供を開始いたしました。また、DBについてもたびたび更新を行ってきましたが、現在導入してあるDBをAlphaFold v2.1系で使おうとするとエラーが発生することがあることが確認されました。 v2.1系やv2.2系を使いたいという強い要求がある場合以外は是非v2.3.2をご利用ください。

また、AlphaFoldの実行時間短縮にはSSD(NVMesh)の利用が効果的である一方、複数のGPUを使ってもあまり効果がないようですので、 NVMesh利用可能かつ1GPUのみ占有のcxgfs-shareリソースグループも是非ご利用ください。 cxgfs-shareリソースグループではインタラクティブジョブの実行も可能ですのであわせてご活用ください。（例：pjsub --interact -L rscgrp=cxgfs-interactive）

AlphaFold v2.3.2の実行用ジョブスクリプト（サンプル）は以下に置いてあります。
monomeモデルとmultimerモデルを用意しました。

/center/local/app/x86/AlphaFold/v2.3.2/samples/run_nvmesh_monomer.sh
/center/local/app/x86/AlphaFold/v2.3.2/samples/run_nvmesh_multimer.sh

上記スクリプトの最終行で呼ばれるスクリプトは以下です。実行時のオプションなどがご自身の想定実行とあわない場合はこのスクリプトをコピーし修正して活用してください。

/center/local/app/x86/AlphaFold/v2.3.2/alphafold/bin/alphafold_nvmesh

上記スクリプトが参照している最新のAlphaFold用DBは以下に置いてあります。

/beegfs/share/alphafold/db-v2.3

DBを一部入れ替えて使いたい場合は、alphafold_nvmeshファイル末尾の引数を調整してご利用ください。

module availするとAlphaFoldが出てくるようにしました。
ただし、loadしても利用案内が出るだけです。従来と同じようにご利用ください。
新しいバージョンのAlphaFoldを置いたらmodule availにも表示されるようにするので、確認用にご利用ください。

重大な更新がある場合を除いては各スクリプト・DBを予告なしに継続的に更新していく予定ですので、 /center/local/app/x86/AlphaFold ディレクトリ内のサブディレクトリ構成や上記のサンプルスクリプトを時々ご確認ください。

予期せぬ実行時エラーが生じた場合などは共同利用担当までお問い合わせください。