TSSでプログラムを実行したところ、スタート2分程度後に”CPU時間制限の超過”になったのですが・・なお実行時間として1時間（スレッド数は128の場合）を予測しております。

TSSのCPU時間制限は、defaultでは、2時間です。CPU時間の変更は、limitコマンドで行います。

例）CPU時間制限を10時間に変更する。

hpc% limit cputime 10h

質問のプログラムですが、128スレッドでの実行ですから、128個のCPUが使われます。CPU時間の制限は、使用されたすべてのCPUのCPU時間を加算したものに対して行われます。 これは、TSSでもBatchでも同じです。したがって、CPU時間としては、2分×128＝256分になり、2時間を超えるため”CPU時間制限の超過”となりました。 なお、スレッド数が多い場合は、Batchでの処理をお勧めします。特に64を超える場合には、Batchで処理してください。 これは、TSS用に割り当てられているCPU数が64であるため、スレッドによる性能が出ないからです。 また、課金の面からもTSSの場合にはすべてのCPUの合計に対してなされるので、Batchがお勧めです。